Según el argumento, Minato fue alumno de Jiraiya, uno de los sannin, pero se desconoce la identidad de sus compañeros de equipo. Segun Gamabunta cuando Naruto se monta en el para reconocer que el lo invoco dice que nadie lo habia intentado desde el cuarto hokage. Más tarde, se convirtió en el sensei jōnin de Kakashi Hatake, Rin, y Obito Uchiha. En esta época ya era una leyenda entre los ninjas de Konoha y las demás aldeas, y temido por el enemigo por sus habilidades, al punto que durante la Tercera Guerra Ninja se dio una orden de que si se le veía, debian huir de inmediato.^[3]

Minato desarrolló el Rasengan,una tecnica incompleta al no conseguir unirla a un elemento, que segun Kakashi, el único con las capacidades de completarla sería su hijo, Naruto (y así lo hizo, el Fūton: Rasen Shuriken).^[4]

Debido a su gran experiencia en batalla y a su talento, fue postulado al puesto de Hokage por Sarutobi, que entonces ocupaba el cargo, mostrando así que no confiaba en Orochimaru, su propio alumno.

Al convertirse en Hokage, Konoha vivió una corta época de paz, que pronto se rompió con la llegada del Kyūbi. Para poder contener el poder de este Bijū, usó el Fūin jutsu: shiki fūjin, una técnica prohibida de sellado con la que pudo encerrar al zorro dentro de su hijo recién nacido, Naruto Uzumaki, al precio de pasar el resto de la eternidad con su alma siendo devorada por el Dios de la Muerte que había invocado para realizar el sello. Su última voluntad fue que Naruto fuese reconocido como un héroe por salvar a la aldea, pero esta petición no fue honrada por los aldeanos. El cuarto Hokage es el padre de Naruto, esto se confirma en una charla de Jiraiya y Tsunade. También dicen que Naruto se parece a su madre, Kushina Uzumaki, en su personalidad y su forma de pelea, y a su padre físicamente.^[2]

Jiraiya piensa que Minato debió tener una razón para encerrar al Kyūbi dentro de su propio hijo, y dejar parte de su poder parcialmente sellado para que dispusiera de él conforme el sello se debilitara.^[5]

Durante un recuerdo de Jiraiya, Se ve como Minato alaba el libro de su maestro (que no tiene nada que ver con la colección Icha Icha) y le gusta tanto el protagonista de la obra que decide ponerle su nombre a su hijo y nombrar a Jiraiya como padrino de Naruto.^[6]

En la pelea de Naruto y Pain, Naruto rompe el sello de su estomago y causa la liberación de las 8 colas. Luego de esto ante la confusión y desesperación de Naruto por las palabras de Pain, el Kyubi se aprovecha y lo incita a romper el sello totalmente a lo que el accede desesperadamente. Cuando estaba a punto de hacerlo aparece el mismísimo Yondaime Hokage ante el asombro de Naruto y la cólera del Kyubi, explicando que él habia sellado al Kyūbi de forma tal que apareciera en la mente de Naruto cuando 8 colas hayan sido liberadas, le dice al Kyubi que esperaba no verlo nunca más, y dice que se encuentra feliz por ver a su hijo crecido aunque sea en una circunstancia como la actual.^[7] Luego le revela a Naruto que el es su padre, y aunque este se siente feliz, le reclama a su padre por haber encerrado al Kyubi dentro de el. Minato le pide perdón a Naruto, diciéndole que solo el puede realizar la misión que le dejó Jiraiya de eliminar el odio del mundo. Vuelve a realizar el sello del Kyubi en Naruto para detener la transformación, y después de esto desaparece, advirtiendo a Naruto que iba a ser la última vez que realizara el sello.[8