Kabuto es un joven delgado, de pelo grisáceo, con gafas. Es sumamente inteligente y tiene una mente oscura. Es un experto médico de gran nivel, e incluso Tsunade alaba sus cualidades médicas.

Realiza medicamentos para recuperar chakra o el nivel de sangre, y tiene técnicas para regenerar sus tejidos creando células nuevas. Así cura el daño que le pueda causar un ataque del enemigo.

Aún no parece haber una idea completa de los orígenes de Kabuto. Se sabe sin embargo que fue adoptado por un ninja médico de Konoha después de haber arrasado la aldea donde vivía Kabuto con su familia.

Al inicio de la historia, es el brazo derecho de Orochimaru, aunque antes era un espía de Sasori que vigilaba a Orochimaru. Acabó por aliarse con él por considerar que prefería su visión de las cosas y sus objetivos. Es un ninja de gran inteligencia y amplia visión. Participa en el examen de chūnin para reunir información sobre los ninjas que se presentan y la guarda en una baraja de cartas cuyo contenido es controlado con su chakra. Posee además un amplio conocimiento en el campo de la medicina ninja. Este aspecto le da cierta ventaja a la hora de combatir.

Según Orochimaru, Kabuto tiene el nivel de Kakashi, aunque no necesariamente el poder de este último, ya que logró poner contra las cuerdas a Tsunade, Shizune y Naruto al mismo tiempo utilizando el Bisturí de chakra para herir al enemigo, cortando ligamentos y músculos. También fue capaz de eliminar solo a un grupo de ANBU que custodiaban a Sasuke.

Participó levemente durante los sucesos del reencuentro de Sasuke y Naruto. Ademas, en el anime de la primera temporada, en el examen de chunnin, se menciona que fue encontrado en el campo de batalla como unico superviviente por el jefe del escuadron medico, que lo adopto.

aparentemente hacer nada por evitar la muerte de Orochimaru a manos de Sasuke Uchiha. Tras la marcha de éste, no se le volvió a ver. Sin embargo, en el capítulo 356 del manga, reapareció dando las gracias a Naruto por haberle hecho ver que podía sobrepasar a su maestro, el sannin. Tras regalarle un libro con información sobre Akatsuki, revela que insertó en su cuerpo los restos de Orochimaru, con la esperanza de volverse más fuerte. Estos al parecer se están apoderando de él gradualmente, ya que su ojo izquierdo se ha puesto igual al de Orochimaru. Hinata vio con su byakugan dentro de él y se vio una pelea entre los dos chakras.